Il borgo, molto probabilmente di origini romane, ha le prime attestazioni nelle fonti scritte risalenti al medioevo. Fino al '500 rimase l'unico centro abitato del paese.
Negli anni fu teatro di varie contese politiche per contendersi i territori della zona, soprattutto con il Marchesato del Monferrato, il quale conquistò Incisa nel luglio del 1514, che contribuì al tramonto definitivo del feudo. Infatti, gli incisa riuscirono a riprendersi i propri territori solo per un breve periodo di tempo, fino a quando Boarello II (ultimo erede del marchesato) rinunciò nel 1548 ai suoi diritti in cambio dei feudi di Camerana e di Gottasecca dopo una lunga lite davanti al senato di Milano con i Gonzaga, ormai divenuti, almeno nominalmente, marchesi del Monferrato. Durante l'assedio di Incisa le strutture fortificate subirono pesanti danni: il "Castrum", centro del castello e dimora della famiglia marchionale, venne completamente distrutto, come pure la piccola chiesa di San Michele.

Borgo Villa era cinto da due ordini di difese murarie e quattro torri atte a difendere il castello, centro di potere dei Marchesi di Incisa, che si ergeva sulla parte più elevata del colle a picco sulla sottostante pianura.
Tra le due difese murarie correva la Contrada “De Barbacanis” (oggi Via Umberto I e Via N. Sauro) lungo la quale si aprivano le abitazioni dei rustici e le “apoteche”. Nella cerchia muraria esterna si aprivano tre porte. L’ultima in ordine di tempo ad essere aperta, per consentire una più agevole comunicazione con il Convento dei Carmelitani, fu la Porta di Valcalzara (metà Sec. XV) dotata di ponte levatoio e di postierla, esempio di quelle porte di ridotte dimensioni che, per misura di sicurezza, consentivano il passaggio di una sola persona alla volta.